Per 1 januari 1995 was de oprichting van de Groep Defensie Ondersteuning als afzonderlijke werkmaatschappij binnen Defensie een feit. Dit besluit paste binnen het streven onderscheid te maken tussen de verantwoordelijkheid voor beleid en uitvoering, waarbij de uitvoerende diensten – gebundeld – buiten de Centrale organisatie werden geplaatst.

Het CDC werd op 1 april 1996 opgericht onder de naam Defensie Interservice Commando (DICO). De meeste ondersteunende taken (bijvoorbeeld catering, ICT, facilitaire en personele diensten) werden ondergebracht in het nieuwe Defensiebrede ondersteunend commando. Voordat DICO haar intrede deed, hadden de Defensieonderdelen deze ondersteunende taken in eigen beheer.

Vanaf 1 april 2004 ging het DICO verder onder de huidige naam, Commando DienstenCentra. Door de toename van het aantal dienstencentra is in 2005 een structuur van bedrijfsgroepen ontwikkeld. Zo is het CDC een smeltkroes van circa 40 bedrijven en dienstencentra geworden.

Anno 2012 bestaat het Commando DienstenCentra uit de volgende onderdelen: - Ondersteuningsgroep en Kabinet, - Divisie Vastgoed en Beveiliging, - Divisie Personeel en Organisatie Defensie, - Divisie Defensie Gezondheidszorg Organisatie, - Divisie Facilitair en Logistiek, - Nederlandse Defensie Academie.