Bij de vele bestuurlijke reorganisaties in de Frans-Bataafse tijd bestonden soms wel en dan weer geen bestuurlijke colleges op het grondgebied van de huidige provincie Noord-Holland. Het Noord-Hollands Archief heeft dan ook geen gewestelijke bestuursarchieven uit de periode 1795-1799. Als uitvloeisel van de Staatsregeling van 1798 werd Holland verdeeld in acht departementen. Op het grondgebied van de tegenwoordige provincie Noord-Holland lagen de departementen van de Amstel (hoofdplaats Amsterdam) en van Texel (hoofdplaats Alkmaar). In 1802 werd deze verdeling ongedaan gemaakt door de vorming van het departement Holland, waarvan het archief wordt bewaard in het Nationaal Archief te Den Haag. In 1807 viel het oude departement Holland uiteen in twee nieuwe departementen, Maasland en Amstelland (hoofdplaats Haarlem). Het grondgebied van Amstelland kwam in hoofdzaak overeen met dat van de tegenwoordige provincie Noord-Holland, zij het met enkele plaatsen, die thans tot Zuid-Holland en Utrecht behoren, zoals Leimuiden en Vriesekoop, Loenen en Loosdrecht. Tot Amstelland behoorden de eilanden Texel, Wieringen, Marken en Urk. Het departement was verdeeld in twee kwartieren. Het eerste kwartier kreeg als hoofdplaats Amsterdam; het omvatte globaal het gebied ten zuiden van het IJ. Dit kwartier bestond op zijn beurt uit de financiële districten Amsterdam en Weesp. Het tweede kwartier besloeg het gebied ten noorden van het IJ, met de eilanden. Hoofdplaats was Hoorn; de financiële districten waren Alkmaar, Hoorn en Purmerend. Na de inlijving bij Frankrijk in 1811 werd het departement Amstelland opgeheven en samen met Utrecht ontstond toen het departement van de Zuiderzee.