Bij de vele bestuurlijke reorganisaties in de Frans-Bataafse tijd bestonden soms wel en dan weer geen bestuurlijke colleges op het grondgebied van de huidige provincie Noord-Holland. Het Noord-Hollands Archief heeft dan ook geen gewestelijke bestuursarchieven uit de periode 1795-1799. Als uitvloeisel van de Staatsregeling van 1798 werd Holland verdeeld in acht departementen. Op het grondgebied van de tegenwoordige provincie Noord-Holland lagen de departementen van de Amstel (hoofdplaats Amsterdam) en van Texel (hoofdplaats Alkmaar). Het departement van de Amstel omvatte de gemeente Amsterdam en een aantal gemeenten in de naaste omgeving van die stad: Aalsmeer, Abcoude, Amstelveen, Bijlmermeer, Diemen, Kalslagen, Kudelstaart, Leimuiden, Muiden, Ouderkerk, Rietwijk en Rietwijkeroord, Thamen, Uithoorn, Vriesekoop, Watergraafsmeer, Weesp en Weesperkarspel. Het departement van de Amstel vormde feitelijk een enclave binnen het departement van Texel. In 1802 werd deze verdeling ongedaan gemaakt door de vorming van het departement Holland, waarvan het archief wordt bewaard in het Nationaal Archief te Den Haag. In 1807 werd echter opnieuw een scheiding gemaakt en wel in de departementen Maasland en Amstelland. Na de inlijving bij Frankrijk in 1811 werd het departement Amstelland opgeheven en samen met Utrecht ontstond toen het departement van de Zuiderzee.