Bij de vele bestuurlijke reorganisaties in de Frans-Bataafse tijd bestonden soms wel en dan weer geen bestuurlijke colleges op het grondgebied van de huidige provincie Noord-Holland. Als gevolg van de Staatsregeling van 1798 werd Holland verdeeld in een aantal departementen. Voor Noord-Holland waren dit de departementen van de Amstel en Texel; bij dit laatste behoorden tevens delen van de huidige provincies Zuid-Holland en Utrecht. In 1802 werd deze verdeling ongedaan gemaakt door de vorming van het departement Holland, waarvan het archief bewaard wordt in het Nationaal Archief te Den Haag. In 1807 werd opnieuw een scheiding gemaakt, in de departementen Maasland en Amstelland. Na de inlijving bij Frankrijk in 1811 werd het departement Amstelland opgeheven en samen met Utrecht ontstond toen het departement van de Zuiderzee. Het departement van de Zuiderzee besloeg ongeveer het gebied dat nu wordt gevormd door de provincies Noord-Holland en Utrecht, met als hoofdplaats Amsterdam, en werd onderverdeeld in vier arrondissementen: Amsterdam, Hoorn, Utrecht en Amersfoort. In de praktijk bleken de arrondissementen Amsterdam en Hoorn te groot te zijn. Op 21 oktober 1811 vond daarom de splitsing plaats van het arrondissement Amsterdam in die van Amsterdam en Haarlem en van het arrondissement Hoorn in die van Hoorn en Alkmaar.