De Rijkswerf Willemsoord te Den Helder is op 20 september 1822 in gebruik genomen. Op deze datum werd door het Ministerie van Binnenlandse Zaken het werfgedeelte van de nog niet volledig voltooide zeehaven overgedragen aan het Ministerie van Marine. In 1827 was Willemsoord volledig voltooid en in gebruik. De Rijkswerf Willemsoord had de taak om schepen te herstellen, te conserveren en uit te rusten voor de marine en andere overheidsinstanties. De werf was t/m 1842 organisatorisch ondergebracht bij het Hoofddepartement van de Zuiderzee en stond onder het gezag van de commandant-directeur te Amsterdam. Deze stond direct onder de minister van Marine. Namens de commandant-directeur werden de werkzaamheden op de werf in Den Helder uitgevoerd onder leiding van een onderdirecteur. In 1843 werd, door een reorganisatie, de werf een Directie der Marine met aan het hoofd een directeur, die rechtstreeks onder de minister kwam te staan. In 1915 werd de functie van directeur een burgerlijke betrekking. Vanaf 1931 vormde de marine een onderdeel van het Departement van Defensie. Alle zaken betreffende de werven werden bij dit departement ondergebracht. In de Tweede Wereldoorlog kwam het bestuur van de Rijkswerf Willemsoord in handen van de Duitse bezetter.