Vanaf 1600 neemt het aantal schriftelijke getuigenissen van het Doopsgezinde gemeenteleven toe. De Doopsgezinden, die zich naar hun voornaamste geestelijke leider Menno Simons (1496-1561) vaak Mennisten of Mennonieten noemden, streefden naar de vorming van een Nieuw-Testamentische gemeenschap. Ze zochten hun eenheid in het geloof, niet in een overkoepelende kerkorganisatie. Wel bestonden er vanouds vriendschapsbanden/sociëteiten tussen verschillende gemeenten. Het gemeenteleven werd gekenmerkt door lekenprediking en sterke nadruk op zuiverheid van levenswandel, met sancties als het uitspreken van de ban. De strengheid van leer leidde bij afwezigheid van een centraal gezag al spoedig tot onderlinge verdeeldheid tussen 'rekkelijken' en 'preciezen'. Dit werd nog versterkt door sociaal-culturele tegenstellingen tussen Doopsgezinden uit Holland, Friesland en Vlaanderen. Zo ontstonden verschillende stromingen: Waterlands, Fries en Vlaams. Deze namen ontwikkelden zich tot partijaanduidingen, die in heel Nederland werden gebruikt. Aanvankelijk noemde de Doopsgezinde Gemeente Mijdrecht/Uithoorn zich Waterlands, in de 18e eeuw echter Vlaams. De gemeente ontving subsidies van de Verenigde Gemeenten van Amsterdam en Rotterdam. In de loop van de 18e eeuw ging het ledental achteruit en in 1804 sloot men zich aan bij de Verenigde Vlaamse en Waterlandse Gemeente te Aalsmeer. Het feit dat Doopsgezinde Gemeente Mijdrecht/Uithoorn beurtelings aangeduid wordt als 'te Uithoorn' en 'te Mijdrecht' heeft de indruk kunnen wekken, dat het twee verschillende gemeenten betrof. Het gaat echter om dezelfde groepering, namelijk die, welke gevestigd was in de Mennonietenbuurt aan de Amstel bij Uithoorn, maar onder het gerecht van Mijdrecht.