Vanaf 1600 neemt het aantal schriftelijke getuigenissen van het Doopsgezinde gemeenteleven toe. De Doopsgezinden, die zich naar hun voornaamste geestelijke leider Menno Simons (1496-1561) vaak Mennisten of Mennonieten noemden, streefden naar de vorming van een Nieuw-Testamentische gemeenschap. Ze zochten hun eenheid in het geloof, niet in een overkoepelende kerkorganisatie. Wel bestonden er vanouds vriendschapsbanden/sociëteiten tussen verschillende gemeenten. Het gemeenteleven werd gekenmerkt door lekenprediking en sterke nadruk op zuiverheid van levenswandel, met sancties als het uitspreken van de ban. De strengheid van leer leidde bij afwezigheid van een centraal gezag al spoedig tot onderlinge verdeeldheid tussen 'rekkelijken' en 'preciezen'. Dit werd nog versterkt door sociaal-culturele tegenstellingen tussen Doopsgezinden uit Holland, Friesland en Vlaanderen. Zo ontstonden verschillende stromingen: Waterlands, Fries en Vlaams. Deze namen ontwikkelden zich tot partijaanduidingen, die in heel Nederland werden gebruikt. De Vermaning (kerk) van de Oude Vlamingen werd in 1641 gebouwd op de Zijdweg. Na enige tijd sloten de Nieuwe Vlamingen en omstreeks 1685 de Waterlanders zich bij hen aan. De Verenigde Vlaamse en Waterlandse Gemeente aan de Zijdweg vertegenwoordigde de 'rekkelijke' richting onder de Doopsgezinden te Aalsmeer. Al voor 1600 bevond zich een Friese Gemeente te Aalsmeer. De Friezen vormden de behoudende stroming onder de Doopsgezinden. Met name die van Aalsmeer bleven tot in de tweede helft van de 19e eeuw zeer traditioneel. In 1804 sloot de Doopsgezinde Gemeente Mijdrecht/Uithoorn zich aan bij de Verenigde Vlaamse en Waterlandse Gemeente. In de loop van de 19e eeuw ontstond onder de doopsgezinden in Aalsmeer de behoefte om meer te gaan samenwerken. Dit resulteerde uiteindelijk in 1866 in de Verenigde Doopsgezinde Gemeente te Aalsmeer.