In 1947 werd voor de Gereformeerde Kerken van Aalsmeer, Badhoevedorp, Haarlemmermeer-Oostzijde, Halfweg-Zwanenburg, Hoofddorp, Nieuw-Vennep en Vijfhuizen een aparte Gereformeerde Classis Hoofddorp ingesteld. Voorheen behoorden de kerken tot de Classis Haarlem van de Gereformeerde Kerken in Nederland. De Hervormde Gemeenten van Aalsmeer, Abbenes, Badhoevedorp-Lijnden, Houtrijk-Polanen, Hoofddorp, Nieuw-Vennep, Rijk en Vijfhuizen behoorden tot 1993 tot de Classis Haarlem van de Nederlands-Hervormde Kerk. Bij de landelijke classicale herindeling in 1993 werd een aparte Hervormde Classis Hoofddorp gevormd. Deze besloeg hetzelfde gebied als de Gereformeerde Classis Hoofddorp, na toevoeging van Uithoorn. Nadat plaatselijke kerken/gemeenten steeds meer gingen samenwerken vond vanaf 1984 ook op classicaal niveau meer gezamenlijk overleg plaats. Aanvankelijk was dat tussen de Gereformeerde Classis Hoofddorp en de Gereformeerde en de Hervormde Classes Haarlem; vanaf 1993 tussen de Gereformeerde en de Hervormde Classes Hoofddorp. Deze gecombineerde vergaderingen heetten de vergaderingen van de Combiclassis en vonden tot medio 2000 plaats naast de afzonderlijke vergaderingen. Daarna werd al niet meer apart vergaderd. In de aanloop naar een landelijk fusie van de Gereformeerde Kerken en de Hervormde Kerk werd in juni 2001 een federatieovereenkomst getekend tussen de beide classes. Vanaf 1 mei 2004 wordt de naam Classis Hoofddorp van de Protestantse Kerk in Nederland (PKN) gebruikt. Op die datum verenigden de Nederlands-Hervormde Kerk, de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Evangelisch Lutherse Kerk zich officieel tot PKN.