De Hoofddirectie is belast met het leveren van een eigen inbreng bij het formuleren van een hoger onderwijsbeleid voor de komende jaren. Daarnaast dient deze een integraal landelijk onderwijsbeleid te ontwikkelen. Bevorderen van de coördinatie met het Directoraat-Generaal voor het voortgezet onderwijs om te komen tot optimale aansluitingen regelingen tussen het voortgezet en hoger onderwijs. voorbereiden van een beleid op het gebeid van studiefinanciering en studentenvoorzieningen.