De Houtrakpolder maakt deel uit van de gronden die door de Amsterdamsche Kanaalmaatschappij in het IJ zijn drooggemaakt bij de aanleg van het Noordzeekanaal. De polder werd op 14 oktober 1874 en 11 februari 1875 door de Amsterdamsche Kanaalmaatschappij geveild. Ze is gelegen ten zuiden van het Noordzeekanaal, tussen de zijkanalen C (naar Spaarndam) en F (naar Halfweg). De dijken langs het Noordzeekanaal en langs Zijkanaal C zijn eigendom gebleven van de Amsterdamsche Kanaalmaatschappij en later overgegaan aan het Rijk. Binnen de polder is het voormalige eiland Ruigoord opgenomen, dat echter niet tot het gebied van de polder behoort. Bij overeenkomsten van 3 / 5 mei 1873 en 7 / 9 maart 1874 verkreeg Ruigoord het recht van vrije afwatering op de Houtrakpolder. Het zuidelijk deel van Ruigoord was vroeger eigendom van het Hoogheemraadschap van Rijnland maar werd door dit op 7 maart 1876 in percelen verkocht. De polder werd oorspronkelijk bemalen door een stoomgemaal, dat in 1920 werd voorzien van een elektromotor. In 1935 moest dit gemaal wijken voor de verbreding van het Noordzeekanaal, en werd enkele tientallen meters verderop een nieuw dieselgemaal gebouwd. Vanwege de schaarste aan brandstoffen werd in 1941 een elektromotor in het gemaal geplaatst. Vanaf 1970 veranderde er veel in de polder. Het zuidelijke deel werd overgedragen aan de Stichting Beheer Landbouwgronden en ingericht als onderdeel van het Recreatiegebied Spaarnwoude. Het noordelijke en het westelijke deel van de polder werden overgedragen aan de gemeente Amsterdam ten behoeve van de aanleg van de Amerikahaven en later de Afrikahaven. Nog slechts een strook in het oostelijk deel van de polder is als agrarisch poldergebied te herkennen. Op 1 januari 1979 trad het nieuwe Waterschap Groot Haarlemmermeer in werking. In dit waterschap werd de Haarlemmermeerpolder samengevoegd met vijftien kleinere polders, waaronder de Houtrakpolder.