De kerk aan de Schans werd ingewijd op 21 december 1782. In 1855 werd de Statie aan de Schans tot Parochie verheven als gevolg van het herstel van de kerkelijke hiërarchie in 1853. Pastoor L.Th.F. Otten wilde het bouwvallige kerkje zo spoedig mogelijk vervangen. In 1866 werd bij K.B. goedgekeurd dat de kerk gebouwd mocht worden naast het oude kerkje. De exacte datum van de consecratie is niet bekend. Het is zeer aannemelijk om deze te plaatsen op 29 augustus 1868, de feestdag van de Onthoofding van de H. Johannes de Doper. Hiermee zou tevens de naamswijziging van de kerk verklaard zijn. De naam Heilige Johannes Onthoofding is vanaf die tijd eveneens steeds meer in zwang gekomen. Vanaf het einde van de 19e eeuw is de kerk verschillende keren verbouwd, vergroot of gerestaureerd. In de 19e en 20e eeuw was het kerkbestuur tevens schoolbestuur van de parochiescholen, waaronder een jongens- en meisjesschool, een ULO-school en een Lagere Technische School. Daarnaast werden nog administraties gevoerd ten behoeve van Het Wit-Gele Kruis te Uithoorn (opgericht op 24 februari 1932) en de Stichting Parochiehuis. De parochie grensde in 1855, bij de overgang van statie naar parochie, aan het bisdom Haarlem, aan Mijdrecht en aan Zevenhoven. De parochie viel dan ook onder het Aartsbisdom Utrecht. In 1899 liep de grenslijn langs verschillende parochies. De parochie van Uithoorn grensde o.a. aan Bovenkerk, De Kwakel, Zevenhoven, Noorden en Vinkeveen. In 1956 ging een gedeelte van het Aartsbisdom (waaronder het Gooi en Uithoorn) over naar het bisdom Haarlem. In 1959 na de instelling van de nieuwe Parochie van het Allerheiligste Sacrament in Uithoorn, werden de grenzen gewijzigd. Na de eeuwwisseling kwam een samenwerkingsproces op gang tussen de beide parochies. Dit proces leidde op 1 februari 2006 tot een personele unie voor beide parochies, gevolgd door een fusie op 1 januari 2007 onder de naam Parochie Emmaüs.