In de tweede helft van de 16e eeuw dwongen de slechte economische omstandigheden en de godsdienstonrust in de Zuidelijke Nederlanden veel mensen om elders een bestaan te zoeken. In Haarlem streken vooral mensen neer uit de omstreken van Valenciennes, Saint Quentin en Doornik. Na de reformatie was in de Republiek der Verenigde Nederlanden de Nederduits Gereformeerde Kerk (later Nederlands-Hervormde Kerk geheten) de enig officieel toegestane kerk. Binnen deze kerk vormden de Franssprekende immigranten hun eigen afdeling, de Église Wallonne of Waalse Kerk genoemd. Deze onderscheidde zich alleen door het verschil in voertaal; de Calvinistische leerstelling en liturgie weken niet af van die van de Nederlandse zusterkerk. In 1586 werd door het Haarlemse stadsbestuur aan de hier verblijvende Franse Calvinisten het koorgedeelte van de vroegere Begijnenkerk voor hun godsdienstoefeningen ter beschikking gesteld. Na de bouw van een scheidsmuur tussen koor en schip, kon het koor in 1590 definitief tot Waalse Kerk worden ingericht. In 1685 zorgde de opheffing in Frankrijk van het Edict van Nantes - dat de Calvinisten aldaar, Hugenoten genoemd, een mate van godsdienstvrijheid verleende - voor een nieuwe stroom vluchtelingen naar de Nederlanden. Door de zich te Haarlem vestigende Hugenoten nam het ledental van de Waalse Kerk hier explosief toe. Tot op de dag van vandaag is het Frans de voertaal gebleven binnen de Waalse Kerk. Naarmate de nakomelingen van de eerste generatie vluchtelingen inburgerden, gingen vooral de eenvoudige lieden - het eerst gedwongen om hun moedertaal voor het Nederlands te verruilen - over naar de Nederlandstalige kerk. Aan de andere kant trok de Waalse kerk, vooral in de 18e eeuw, toen het mode werd voor de sociale bovenlaag van de bevolking om Frans te spreken, leden aan uit het Nederlandse patriciaat. Zo ontwikkelde de Waalse kerk zich van immigrantenkerk tot kerk van de gegoeden.