Het beheer over de kerkelijke eigendommen, waaronder het kerkgebouw zelf, en de financiële administratie was vanouds in handen van de kerkvoogden. Tot 1845 kerkten de hervormden in Spaarnwoude, later in Spaarndam. Sinds november 1852 beschikten de hervormden over een eigen kerk die ter hoogte stond van de ingang van de Suikerfabriek. Vanaf 1855 was de Nederlands-Hervormde Gemeente een zelfstandige gemeente. Door de verbreding van de verkeersweg door Halfweg moest het kerkgebouw worden gesloopt. Er kwam een nieuwe kerk, die sinds 21 mei 1925 in gebruik is, in de Wilhelminastraat 15 te Halfweg. De Nederlands-Hervormde Gemeente van Houtrijk en Polanen is in 2005 samen gegaan met de Gereformeerde Kerk van Halfweg-Zwanenburg onder de naam Protestantse Gemeente Halfweg-Zwanenburg.