Het bestuur van de kerkelijke gemeente was in handen van de kerkenraad, die oorspronkelijk bestond uit de predikant, twee ouderlingen en twee diakenen. Dit aantal werd langzaamaan uitgebreid tot de huidige tien ouderlingen en zes diakenen. Aanvankelijk werden de kerkenraadsleden gekozen door de (mannelijke) lidmaten. In 1867 werd hiervoor een speciaal kiescollege ingesteld, bestaande uit de kerkenraad en twee maal zoveel gemachtigden als de kerkenraad leden telde. Deze gemachtigden werden gekozen door de stemgerechtigde lidmaten.