In een vergadering van het bestuur van de Diaconie van de Nederlands-Hervormde Gemeente te Haarlem op 29 september 1778 stelde de heer G. Willekens voor om de kinderen van de huiszittende armen te verplichten zondags naar de kerk te gaan. De reden om dit voorstel te doen was, zoals hij in de vergadering zei: 'de kinderen onzer alimentanten worden over het algemeen zeer ongodsdienstig opgevoed.' Bovendien waren de leerredes die in de gemeente werden gehouden voor kinderen te moeilijk om te kunnen begrijpen. Op 7 november 1779 werd de eerste kinderpreek gehouden in de Bakenesserkerk door de predikant W. Mobachius Quadt. De Kinderkerk werd in de loop van de tijd bezocht door kinderen van 6 tot 16 jaar. Op 21 april 1854 kwam er een bestuurlijke verandering binnen de Kinderkerk naar aanleiding van de scheiding tussen burgerlijke gemeente en kerk betreffende het armbestuur. Het beheer en bestuur van de Kinderkerk is toen in zijn totaliteit overgegaan naar diakenen. Het systeem, waarbij de Kinderkerk voornamelijk bezocht werd door kinderen van armen, functioneerde tot in de jaren 30 van de 20e eeuw. Als beloning voor een geregeld kerkbezoek werd aan kinderen van huiszittende armen kleding of iets dergelijks uitgedeeld. Deze kinderen moesten zich laten inschrijven en ontvingen dan een knipkaart, die zij elke zondag na afloop van de dienst moesten laten afknippen door de administrateur van de Diaconie, die in de Kinderkerk aanwezig was. In 1935 werd de verplichting van de huiszittende armen om hun kinderen ter kerke te zenden opgeheven. Het kerkbezoek was nu vrijwillig, er kwamen ook kinderen uit andere standen. Tot het begin van de jaren 50 van de 20e eeuw heeft de Kinderkerk bestaan. In die periode werd zij overbodig, omdat zondagsscholen geleidelijk de functie van de Kinderkerk overnamen.