De militaire luchtvaart autoriteit staat onder leiding van de directeur militaire luchtvaart autoriteit, die is belast met:

het met inachtneming van de aanwijzingen en richtlijnen van de secretaris-generaal geven van ambtelijke leiding aan zijn staf;

het erop toezien dat de activiteiten ten aanzien van de Nederlands militaire luchtvaart binnen de geldende wet- en regelgeving wordt uitgevoerd;

het adviseren van de politieke en ambtelijke leiding inzake aspecten van de militaire luchtvaart en het formuleren van richtlijnen en eisen ter zake en het uitoefenen van toezicht op de implementatie en uitvoering daarvan;

het, in het kader van het onder b en c genoemde toezicht, opstellen van een jaarlijks onderzoeksplan en een jaarlijks verslag;

het beoordelen of personen of organisaties voldoen aan de gestelde eisen en het op basis daarvan verlenen van toestemming om handelingen uit te voeren betreffende aspecten van de militaire luchtvaart, dan wel nadere richtlijnen ter zake te geven;

het leveren van een bijdrage aan de informatiebehoefte van de (plaatsvervangend) secretaris-generaal, gegeven het eigen terrein van verantwoordelijkheid;

de doelmatige inrichting, de bedrijfsvoering en het interne beheer van de militaire luchtvaart autoriteit;

het nemen van besluiten en het verrichten van andere handelingen ter uitvoering van de Luchtvaartwet en de Wet luchtvaart.