Sinds 1995 is Museum Catharijneconvent een onafhankelijke stichting onder leiding van een directie. Deze wordt gevormd door Marieke van Schijndel MA MBA (algemeen directeur) en Ruud Priem MA (inhoudelijk directeur). Daarnaast controleert de Raad van Toezicht namens de overheid de taakvervulling door het museum.De museumorganisatie functioneert als een projectorganisatie waarin veertig medewerkers werkzaam zijn. De dagelijkse leiding is in handen van het managementteam, dat bestaat uit de directie, de afdelingshoofden Sieske Binnendijk (hoofd Collectiebeheer), Douwe Wigersma (hoofd Marketing & Communicatie) en drs. Saskia van Haaren (hoofd Projectbureau). Ruud Priem is als inhoudelijk directeur tevens hoofd Onderzoek & Educatie.Het jaarlijkse budget voor de reguliere exploitatie bedraagt ongeveer vier miljoen euro. Dit bedrag bestaat grotendeels uit overheidssubsidie, maar ook uit kaartverkoop- en verhuurinkomsten en uit bijdragen van fondsen en sponsors.