Het Rijksinstituut voor het Onderzoek der Zee werd in 1903 opgericht. Deze nieuwe dienst kwam onder het directeurschap van dr. H.C. Redeke te staan. De taak van het instituut lag zowel in het biologische als in het hydrografische vlak en omvatte voornamelijk het onderzoek van de Noordzee en de daarmee in verbinding staande andere zeeën. Een en ander was gebaseerd op het onderzoeksprogramma, vastgesteld op de te Christiania (Oslo) gehouden internationale conferentie. Het instituut was in het Zoölogisch Station der Dierkundige Vereeniging aan de Buitenhaven te Den Helder gevestigd. Op 10 mei 1912 werd het Rijksinstituut voor het Onderzoek der Zee opgeheven. Rechtsopvolger werd het Rijksinstituut voor Visscherij Onderzoek te Haarlem.