Door de bouw van de Afsluitdijk kwam er in 1932 een einde aan het bestaan van de Zuiderzee en daarmee van haar typische visserijcultuur. In 1930 nog was er een Zuiderzeevisserijtentoonstelling gehouden. Deze kon toen geen definitieve vorm krijgen in een permanente museale verzameling. Het was de directeur van het Openluchtmuseum in Arnhem, dhr S.J. Bouma, die in 1942 concludeerde dat de Zuiderzeecultuur dreigde verloren te gaan. Dus werd het idee van een Zuiderzeemuseum geopperd. Op 31 mei 1947 werd de Vereniging Vrienden van het Zuiderzeemuseum opgericht. Op haar initiatief is dit rijksmuseum van de grond gekomen. Zij verplichtte zich tot het oprichten en instandhouden van een Zuiderzeemuseum in de ter beschikking komende panden en het restaureren ervan en zou "al het mogelijke doen" om het museum te voltooien met een buitendijks gelegen openluchtmuseum. Enkhuizen werd als vestiging gekozen vanwege haar ligging aan open water en de mogelijkheid voor de aanleg van een vissersdorp, annex haventje in de vorm van een buitenmuseum. Het binnenmuseum werd geopend op 1 juli 1950. Het museum wilde de herinneringen aan de Zuiderzeecultuur van de 19de en 20ste eeuw uit de dorpen rondom de voormalige Zuiderzee conserveren. De ideeën voor een buitenmuseum konden geen gestalte krijgen door een gebrek aan geld. In 1955 maakte de Dienst der Zuiderzeewerken een plan om een werkhaven in Enkhuizen in te richten ten behoeve van de aanleg van de dijk Enkhuizen-Lelystad. Toen werd het idee van een buitenmuseum weer opgepakt. Pas op 7 mei 1983 opende zij haar poorten. Het Zuiderzeemuseum stelt zich ten doel een representatieve selectie van de (materiële) uitingen van de geschiedenis van het Zuiderzeegebied te verzamelen en in stand te houden en mede aan de hand van een visuele presentatie daarvan een zo breed mogelijk publiek te interesseren voor en inzicht te verschaffen in de ontwikkeling van die geschiedenis. Het Zuiderzeemuseum is in 1994 verzelfstandigd.