Het Staatsvissershavenbedrijf stond vanaf de oprichting in 1899 onder leiding van een directeur, die direct onder de minister van het Departement van Waterstaat fungeerde. Alleen aanvragen voor werken richtte de directeur aan de hoofdingenieur van het 9e district van Rijkswaterstaat in Noord-Holland. In 1933 vond de formele scheiding plaats tussen het Staatsvissershvanebedrijf en Rijkswaterstaat. Bij KB van 22 december 1933, Staatsblad nr. 719, werd besloten dat het Staatsvissershavenbedrijf, opgericht in 1899, direct ressorteerde onder de minister van Verkeer en Waterstaat, waarbij de leiding van het bedrijf werd opgedragen aan een door de Kroon benoemde directeur. Daarnaast was er een Commissie van Advies waarin het Staatsvissershavenbedrijf, afgevaardigden van het Ministerie van Verkeer en Waterstaat, en belanghebbenden bij de IJmuidense vishandel en industrie waren vertegenwoordigd.