Op 19 november 1798 werd een voorstel om te komen tot de stichting van een nationaal museum goedgekeurd door het Uitvoerend Bewind van de Bataafse Republiek. De kern van de verzameling van het museum, dat Nationale Konst-Gallerij ging heten, bestond uit kunstvoorwerpen afkomstig uit de voormalige stadhouderlijke collectie. Het museum werd gevestigd in paleis Huis ten Bosch en opende op 31 mei 1800 zijn deuren voor publiek. Door de veranderde politieke situatie werd het museum al in 1808 gesloten. De in 1806 tot koning verheven Lodewijk Napoleon wilde Amsterdam tot cultureel centrum maken en om die reden stichtte hij onder andere bij Koninklijk Decreet van 21 april 1808 het Koninklijk Museum. In feite werd er geen nieuw museum gesticht, maar was het een voorzetting in een nieuw jasje van de Nationale Konst-Gallerij. De kunstvoorwerpen werden van Den Haag naar het Paleis op de Dam te Amsterdam verhuisd. Vanaf 1814 was het museum gevestigd in het Trippenhuis aan de Kloveniersburgwal. In de loop van de tijd wijzigde de naam van het Koninklijk Museum achtereenvolgens in Groot Hollandsch Museum (1810), 's Lands Museum van Schilderijen, Oudheden, Kunstwerken en Penningen (1814) en 's Rijks Museum (1815). Van 1808 tot in 1844 was de leiding van het museum in handen van een directeur bijgestaan door drie opzichters. In 1844 kreeg de directeur een Commissie van Toezicht naast zich. Bij de reorganisatie in 1847 verdween de functie directeur en werd de Commissie van Toezicht omgezet in een Raad van Bestuur. Het 's Rijks Museum werd in 1876 gescheiden in twee aparte organisaties: het Rijksmuseum van Schilderijen en het Rijksprentenkabinet. Als gevolg van de reorganisatie werd de Raad van Bestuur eind 1876 opgeheven. In januari 1877 werd een Commissie van Toezicht ingesteld zonder bestuurlijke bevoegdheden, maar met alleen een controlerende en adviserende taak. In 1884 verhuisde de collectie van het Rijksprentenkabinet naar het Rijksmuseumgebouw, in 1885 volgden de schilderijen.