Na de reorganisatie van het gehele bestuurlijke en ambtelijke apparaat van de Gemeente Haarlem in 1991, zijn de oorspronkelijke 20 diensten en bedrijven en de secretarie van de Gemeente Haarlem omgevormd tot zes sectoren, en de Bestuursdienst. Alle sectoren behartigen één of meerdere beleidsvelden, waarbij beleid en uitvoering zijn geïntegreerd. De Sector Natuur en Milieu is ontstaan uit de Dienst Gemeentereiniging, Haven en Marktwezen, de Dienst Hout en Plantsoenen en Begraafplaatsen (HPB) en een afdeling van de secretarie. De Sector Natuur en Milieu had drie vakafdelingen te weten: Natuur en Landschap en Educatie (NL), Reiniging Afvalverwerking en Technische Dienst (RATD) en Milieuzaken (MIL), een stafbureau en een Bureau Sector Ondersteuning (BSO). De Sector Natuur en Milieu viel onder het Gemeentebestuur van Haarlem, dat wil zeggen dat deze sector voor zijn beleid en taakuitvoering instemming diende te hebben van de portefeuillehouder in het College van Burgemeester en Wethouders van Haarlem. Dit gebeurde voor het grootste gedeelte al door de goedkeuring van de begrotingen van deze sector en haar diensten. Door de vorming van een Sector Natuur en Milieu werd het mogelijk om bijna alle gemeentelijke natuur en milieutaken in een organisatie te integreren. In de periode 1991 tot 1997 waren er zes sectoren in de Gemeente Haarlem. Dit waren de sectoren Bouwen, Wonen en Economie (BWE), Gemeentewerken (GW), Natuur en Milieu (NM), de Sector Brandweer (BWR), de Sector Educatie, Sport, Recreatie en Cultuur (ESRC), en de Sector Welzijn, Sociale Zaken en Gezondheid (WSG). In 1998 vond er weer een reorganisatie plaats, waarbij de sectoren Bouwen, Wonen en Economie (BWE), Gemeentewerken (GW) en Natuur en Milieu (NM) werden samengevoegd tot twee sectoren genaamd Stadsbeheer (SB) en Stedelijke Ontwikkeling (SO). De sector Natuur en Milieu heeft dus bestaan van 1991 tot en met 1997.