De middeleeuwse kerk was gewijd aan Sint Agatha en was een dochterkerk van Velsen. In het Goederenregister van de Utrechtse Sint Maartenskerk, dat een situatie beschrijft die teruggaat tot vóór 860, is sprake van de schenking door een zekere Gutha van deze, toen nog niet gewijde kerk. Deze Gutha zal tot de plaatselijke elite behoord hebben, en was waarschijnlijk de stichteres van de kerk. In de elfde eeuw kregen de graven van Holland de rechten over de kerk in handen, een situatie die in 1156 officieel werd bevestigd. De kerk werd vermoedelijk in 1204, tijdens de Loonse oorlog, verwoest. In 1572 werd de kerk opnieuw verwoest en daarna herbouwd als hervormde kerk. De Sint Agathakerk, met bijbehorende goederen, behoorde sinds 1447 tot de bezittingen van de Haarlemse Commanderij van Sint Jan. De Reformatie (Hervorming) betekende het eind van de parochiekerk als katholieke instelling en van de twee katholieke kloosters, die in de Middeleeuwen waren gesticht in het kielzog van de Moderne Devotie. De goederen van deze instellingen konden voor andere doeleinden worden bestemd, maar soepel ging dit niet, althans niet in het geval van Beverwijk. Aan de uiteindelijke regeling ging een langdurig en ingewikkeld proces vooraf. Zie ook de inleiding bij de inventaris van het archief van het Stads- en Gemeentebestuur van Beverwijk, 1298-1817.