Het bestuur bestond uit zeven gewone leden en vijf adviserende leden. De bestuursleden werden benoemd door de minister van Landbouw en Visserij op voordracht van de minister zelf, van het Landbouwschap, van de Stichting Fokkerijwezen voor de Varkenshouderij
(SFV) en van het Koninklijk Nederlands Rundvee Stamboek / Friesch Rundvee Stamboek (NRS/FRS). Het bestuur was bevoegd tot het beoordelen van het financiële en wetenschappelijke programma alsmede tot het sluiten van contracten.

Er was een driehoofdige directie, benoemd door de minister van L&V. De directie had tot taak het goed laten verlopen van de werkzaamheden van het instituut.

Een aantal besluiten behoefde de goedkeuring van de minister van L&V. De minister was tevens bevoegd tot het geven van richtlijnen en aanwijzingen.

De stichting werd voor 90% door het Rijk gefinancierd, daarnaast voor 4% door fokkerijinstellingen en voor 6% door het Productschap voor Vee en Vlees.

De accountantsdienst van het ministerie van L&V controleerde de administratie van de stichting.