Op 31 mei 1947 werd de Vereniging Vrienden van het Zuiderzeemuseum opgericht. Op haar initiatief is Rijksmuseum Zuiderzeemuseum van de grond gekomen. Zij verplichtte zich tot het oprichten en instandhouden van een Zuiderzeemuseum in de ter beschikking komende panden en het restaureren ervan en zou "al het mogelijke doen" om het museum te voltooien met een buitendijks gelegen openluchtmuseum. Enkhuizen werd als vestiging gekozen vanwege haar ligging aan open water en de mogelijkheid voor de aanleg van een vissersdorp, annex haventje in de vorm van een buitenmuseum. Het binnenmuseum werd geopend op 1 juli 1950, het buitenmuseum in 1983. De Vereniging Vrienden zorgde de eerste decennia na 1949 voor promotie, voor horeca en souvenirverkoop. Daardoor kon zij bijdragen aan voorfinanciering van aankopen en aanstelling van personeel. Tot 1969 hadden de Vrienden het bezit van de museumgebouwen en speelden een rol bij de voorbereiding én bij de eerste stappen tot realisatie van het buitenmuseum. Ook in het begin van de jaren 80 waren de Vrienden buitengewoon actief: zij ontwikkelden denkbeelden over de ontsluiting van het museum met een bootverbinding en over de exploitatie van commerciële activiteiten. Voor de ontsluiting werd uiteindelijk een afzonderlijke stichting opgericht. De exploitatie van souvenir- en boekverkoop, van rondleidingen en van restaurantvoorzieningen kwam met Piscator BV via een steunstichting wel ten goede aan de Vrienden. De revenuen stelden hen mede in staat het periodiek 'Het Peperhuis' uit te geven, een jaarboek te publiceren, voor het museum aankopen te doen en het museum ook anders financieel te begunstigen.