Het eerstaanwezendschap Amsterdam ressorteerde achtereenvolgens onder de directeur van de 1e Fortificatie Directie te 's-Gravenhage (vanaf 1 mei 1841), de inspecteur in de 1e Fortificatie Inspectie te Utrecht (vanaf 1 september 1849), de commandant der Genie in de 3e stelling te Amsterdam (vanaf 11 augustus 1867), het 1e Geniecommandement te Amsterdam (vanaf 1 mei 1875), de 7e Verdedigingsstelling te Amsterdam (vanaf 1 mei 1878) en het 2e Geniecommandement te Amsterdam (vanaf 1 mei 1883). Met ingang van 15 juli 1940 werd het eerstaanwezendschap Amsterdam opgeheven. Vanaf augustus 1867 tot 15 mei 1875 werd de functie van Eerstaanwezend ingenieur der Genie te Amsterdam gecombineerd met de functie van commandant der Genie in de 3e stelling te Amsterdam. Ter uitvoering van het Koninklijk Besluit van 16 februari 1923 nr. 75 heeft de minister van Oorlog een nieuwe verdeling in geniecommandementen en eerstaanwezendschappen vastgesteld, die met ingang van 1 mei 1923 van kracht werd. Dit had tot gevolg dat de volgende verdedigingswerken naar het eerstaanwezendschap Amersfoort overgingen: de forten Hinderdam, Uitermeer, Nigtevecht, Pampus en Abcoude, de vestingen Weesp en Muiden, de kustbatterij bij Diemerdam en de batterijen aan het Gein.