Op 19 november 1813, dus twee dagen nadat Den Haag zich voor Oranje had verklaard, diende Generaal Kraayenhoff uit eigen beweging schriftelijk zijn ontslag uit zijn rijksbetrekkingen aan de Keizer in en de 24e daaropvolgende nam hij op verzoek van Commissarissen-Generaal van het Algemeen Bestuur te Den Haag het militair bevel over Amsterdam op zich. Toen bij Soeverein Besluit van 17 januari 1814, nr. 174 het rijk werd ingedeeld in acht militaire arrondissementen, werd Generaal Kraayenhoff ook belast met het commando over het 1e militair arrondissement. Uit deze betrekking kreeg hij bij Soeverein Besluit van 18 juli 1814 eervol ontslag in verband met een nieuwe militaire verdeling van het grondgebied van het rijk. Het commando droeg hij op 15 augustus 1814 over aan de Provinciale Commandant van Noord-Holland. Alhoewel de standplaats als Gouverneur van Amsterdam en als Commandant in het 1e militair arrondissement Amsterdam was, verbleef Generaal Kraayenhoff van 19 mei tot 20 augustus 1814 te Den Haag, op welke datum hij het commando van de stad Amsterdam aan de Luitenant-Generaal Graaf van Limburg Stirum overgaf. Bij Soeverein Besluit van 31 juli 1814, nr. 50 werd aan Generaal Kraayenhoff de eretitel verleend van Gouverneur van Amsterdam.