In 1792 werd het marine-établissement aan het Nieuwe Diep in Den Helder in gebruik genomen voor de reparatie van marineschepen. In de nabije omgeving begon men in 1812 met de bouw van een grote zeehaven waarin een nieuwe marinewerf was gepland, die met de naam Willemsoord werd aangeduid. Zowel het marine-établissement aan het Nieuwe Diep als Willemsoord hadden de taak om schepen te herstellen, te conserveren en uit te rusten voor de marine en andere overheidsorganisaties. Rijkswerf Willemsoord is op 20 september 1822 in gebruik genomen. Op deze datum werd door het Ministerie van Binnenlandse Zaken het werfgedeelte van de nog niet volledig voltooide zeehaven overgedragen aan het Ministerie van Marine. Het terrein van het marine-établissement werd in 1827 overgedragen aan het Departement van Oorlog. Op dat moment was de Rijkswerf Willemsoord volledig voltooid. De werf werd organisatorisch ondergebracht bij het Hoofddepartement van de Zuiderzee en stond onder het gezag van de commandant-directeur te Amsterdam. Namens de commandant-directeur werden de werkzaamheden op de werf in Den Helder uitgevoerd onder leiding van een equipagemeester, resp. onderdirecteur. In 1843 werd, door een reorganisatie, de werf een Directie der Marine met aan het hoofd een directeur, die rechtstreeks onder de minister kwam te staan. Het archief van de onderdirecteur werd daarom afgesloten.