De 2e afdeling behandelde uiteenlopende zaken als gratie, wettiging, naamsaanneming, naturalisatie, naamloze vennootschappen, gerechtelijke statistiek en (vanaf 1864) adelszaken.[1]

In de jaren 1866-1876 werd het takenpakket van de 2e afdeling uitgebreid met dat van de voormalige 1e Afdeling (1858-1866), omdat het Algemeen Secretariaat en de 1e Afdeling één afdeling werden. In 1876 werd dit weer terug gedraaid. In 1876 werd het ministerie gereorganiseerd: het aantal afdelingen bleef gelijk, maar binnen het takenpakket werd nogal geschoven. De 2e Afdeling kreeg de uitvoering van de Vreemdelingenwet van 1875, uitleveringen en staats- en volkenrecht. De 2e Afdeling moest ook taken afstaan, zoals personen en familierecht aan de 1e afdeling. Eind 1878 nam de afdeling daarentegen de behandeling van gratieverzoeken over van de 3e Afdeling. Terwijl de afdeling in 1886 adelszaken en erediensten af moest staan aan de 1e afdeling.[2]

In de loop van de jaren groeide het takenpakket van de 2e Afdeling. Bij de reorganisatie in 1889 werd de 3e afdeling (Politie) opgeheven en werden de taken overgedragen aan de 2e afdeling. De 2e afdeling werd toen gesplitst in een drietal onderafdelingen of bureaus, waarbij de politie (inclusief de rijksveldwacht en het toezicht op jacht en visserij) bij onderafdeling C werden ondergebracht.[3]

Het toezicht op de politie was gedelegeerd aan de procureurs-generaal bij de provinciale gerechtshoven onder bevel van de minister van Justitie. Het Ministerie van Justitie richtte zich op de preventieve politie taken, zoals handhaving van rust en veiligheid. Naast de Rijksveldwacht fungeerden sinds 1897 ook ‘rijksveldwachters-rechercheurs’. Deze rechercheurs waren landelijk inzetbaar voor opsporing van misdrijven (ook binnen de politie zelf), toezicht op anarchisten en socialisten en ook wel voor inlichtingenwerk. Ze vielen rechtstreeks onder de procureurs-generaal. Tot ver in de twintigste eeuw zou de rijkspolitie worden uitgeoefend door de rijksveldwacht en de koninklijke marechaussee (dit laatste korps viel onder het Ministerie van Oorlog). In het Interbellum (1918-1940) fungeerde naast de marechaussee nog een tweede militair politiekorps, de politietroepen, opgericht in 1919 om revolutionaire bewegingen te bestrijden. In 1918 werd de rijkspolitie ook belast met het toezicht op vreemdelingen en de grensbewaking.

Een zeer omvangrijke taak was ook de behandeling van gratieverzoeken. Iedere veroordeelde had het recht bij de Koning gratie van de bij rechterlijk vonnis opgeleg­de straf te verzoeken. Het kon hier de gehele of gedeeltelijke kwijtschelding van straf betreffen dan wel de omzetting in een mindere straf. De rol van Justitie bestond erin het rekest door te sturen van het Kabinet van de Koning naar de Hoge Raad die een advies opstelde. De minister formuleerde met dit advies een voorstel, waarna het ministerie het doorstuurde naar de Koning. Na 1848 kwam naast de advisering door de Hoge Raad ook die van de rechters van de betrokken gerechtshoven. Bepaalde afwijzende beschikkingen op gratieverzoeken kon de minister zelf afdoen. Bij bepaalde gelegenheden werd collectief gratie verleend, aan een groot aantal veroordeelden tegelijk. Dit was onder meer het geval bij de troonsbestijging en het huwelijk van koningin Wilhelmina.[4]

De minister van Justitie was voorts bevoegd, op grond van bepalingen in het Wetboek van strafrecht, tot voorwaardelijke invrijheidstelling van veroordeelden, die tweederde van hun straftijd hadden ondergaan. De minister nam zijn besluit na inwinnen van advies van betrokken instanties zoals het gevangenisbestuur en (na 1910) van reclasseringsinstanties.[5]

Het Ministerie van Justitie droeg vanaf het begin de verantwoordelijkheid voor het vreemdelin­genbeleid. Dit hield in het regelen van de toelating en het verblijf, het toezicht, de verwijdering respectievelijk de uitzetting. De Vreemdelingen­wet verplichtte vreemdelingen zich bij aankomst en vertrek bij de plaatselijke politie te melden, teneinde een reis- en verblijfpas te verkrijgen. De wet voorzag ook in procedures om ongewenste vreemdelingen de grens over te zetten. De Eerste Wereldoorlog veroorzaakte een omvangrijke stroom van vooral Belgische vluchtelingen. De rol van Justitie richtte zich op toelating en uitzetting van ongewenste vluchtelingen. In 1918 en 1920 kwamen op dit terrein twee wetten tot stand betreffende het toezicht en de grensbewaking. Deze hielden onder meer in de oprichting van de bureaus Vreemdelingendienst (1918) en Grensbewaking (1920), die in 1927 werden samengevoegd. In de jaren-1930 werd ten aanzien van vluchtelingen uit Duitsland, onder wie vooral Joden, een restrictiever beleid gevoerd dan in de jaren 1914-1918.[6]