In 1843 werd de Generale Directie van Marine vervangen door het Ministerie van Marine. Het departementshoofd J.C. Rijk kreeg de rang en titel van minister. Onder de minister ressorteerden voorts een aantal ‘algemeene ambtenaren' zoals de inspecteurs van de Artillerie, de Geneeskundige Dienst en de Marinegebouwen. Er waren vijf directies van de Marine in Willemsoord, Amsterdam, Rotterdam, Hellevoetsluis en Vlissingen. Deze directies kregen meer zelfstandigheid, waardoor de correspondentie met het ministerie in Den Haag afnam. Voor de steeds groeiende verzameling kaarten en tekeningen werd in 1851 een Depot kaarten in het leven geroepen. Er ressorteerde in 1851 nog zeven bureaus (A t/m F) onder het ministerie. Die werden met ingang van 1852 samengevoegd tot een drietal afdelingen.[1]
De relatie tussen de minister van Marine en de commandant van de in Indië gestationeerde zeemacht enerzijds en de minister van Koloniën en het opperbestuur in Nederlands-Indië anderzijds was gecompliceerd. Volgens de Indische staatsregeling moesten het beleid van land- en zeemacht op elkaar worden afgestemd door het gemeenschappelijk opperbevel van de gouverneur-generaal. Ondanks deze koppeling ressorteerden beide krijgsmachtonderdelen (vanaf 1842) onder verschillende ministeries in Nederland: het Indische leger onder Koloniën en de kern van de zeemacht onder Marine. De commandant zeemacht in Indië mocht alleen over administratieve zaken rechtstreeks corresponderen met de minister van Marine. Alle andere kwesties moest hij eerst opnemen met de gouverneur-generaal, die contact opnam met de minister van Koloniën en deze op zijn beurt met zijn collega van Marine. Omgekeerd moest dezelfde omweg worden gevolgd.[2]
Vanaf 1868 waren er nog maar drie marine-directies (Den Helder (Willemsoord), Amsterdam en Hellevoetsluis). Marine wilde een betere coördinatie krijgen met de defensie te land. Daarom werd in 1889 bepaald dat de commandanten van marine in Willemsoord en Hellevoetsluis het commando zouden krijgen over de overwegend maritieme stellingen van Den Helder, de ‘ Monden van de Maas’ en ‘het Haringvliet’. Het commando was inclusief de daarin gelegerde landmachtonderdelen. Omgekeerd kwam de marinecommandant te Amsterdam in oorlogstijd onder het bevel van de landmacht-commandant van de stelling van Amsterdam. Rond 1915 werd de directie Amsterdam opgeheven en in 1924 ook het inmiddels van Hellevoetsluis naar Middelburg verplaatste commandement. Vanaf 1925 fungeerde alleen in Willemsoord nog een commandement. Als adviesorgaan was in 1903 de Marineraad ingesteld die beide krijgsmachtministers moest adviseren. In 1908 werd die vervangen door de ‘Raad van Defensie'.[3]
