De Zuiderpolder was voorheen een deel van de Veerpolder, maar werd door het graven van de trekvaart van Amsterdam naar Haarlem daarvan gescheiden. De polder werd bemalen door de molen de Zeldenpas aan de Rijksstraatweg van Amsterdam naar Haarlem, gebouwd in 1860. In 1929 werd een elektrisch gemaal gebouwd, waarna de molen in 1939 voor afbraak werd verkocht. Uiteindelijk werd ze in 1941 verplaatst naar Oud Ade ten zuiden van de Haarlemmermeerpolder. Vanaf de jaren 1920 werd een groot deel van de polder binnen de bebouwing van de stad Haarlem getrokken. Op 1 januari 1979 trad het nieuwe Waterschap Groot Haarlemmermeer in werking. In dit waterschap werd de Haarlemmermeerpolder samengevoegd met vijftien kleinere polders, waaronder de Zuiderpolder.