Het bestuur van de Uithoornse Polder (ook wel Grote Uithoornse Polder) werd gevormd door de burgemeester van Uithoorn, heemraden en de poldermeesters. De Uithoornse Polder werd begrensd door de Amsteldijk-Zuid, de Drechtdijk en het Zijdelmeer. In de middeleeuwen begon men met de ontginning van dit veengebied. Waterstaatkundig behoorde het grondgebied van de Uithoornse Polder tot het Hoogheemraadschap Amstelland. In 1525 vaardigde keizer Karel V een octrooi uit, waarmee het hoogheemraadschap in het leven werd geroepen. Het heeft nog lange tijd geduurd voordat het gebied daadwerkelijk ingepolderd was, daarnaast vond er een steeds verdergaande vervening plaats. Doordat de vervening zo'n hoge vlucht nam ontstonden tussen Aalsmeer en Uithoorn uitgestrekte veenplassen. Rond 1700 hadden de inwoners van Thamen al zo veel grond verveend dat zij gedwongen waren hun dorp te verlaten en zich te vestigen op de veiliger bovengronden langs de Amstel. Ook het gebied tussen Kudelstaart en de Kwakel (tegenwoordig de Zuider-Legmeerpolder), de Bovenkerkerpolder en de Thamer Binnenpolder vielen ten prooi aan de vervening. Van de drie door verveningen ontstane veenplassen, de Kalslagerpoel, de Kudelstaartsepoel en de Legmeer, leverde de laatste het meeste gevaar op. In 1844 werd een commissie benoemd die de mogelijkheden tot droogmaking van de Legmeerplassen zou gaan onderzoeken. Uiteindelijk verleende de koning in 1854 concessie om met behulp van een stoomgemaal 2300 hectaren droog te leggen. De plannen werden echter nog niet uitgevoerd. Pas 20 jaren later verleende Koning Willem III goedkeuring aan de oprichting van de NV Maatschappij tot droogmaking van een gedeelte der Legmeerplassen. In 1877 viel de Noorder-Legmeer droog. Vijf jaar later volgde ook het zuidelijke gedeelte. Het beheer van de droogmakerij werd overgedragen aan een te kiezen polderbestuur. Voordien waren andere gebieden al drooggemaakt: Bovenkerkerpolder aan het eind van de 18e eeuw en de Thamer Binnenpolder in 1851.