Het stichtingsjaar van het Sint Margrietenklooster, een vrouwenklooster ook wel Sint Margarethaklooster genoemd en behorend tot de derde orde van Sint Franciscus, is onbekend, maar zal vermoedelijk niet ver verwijderd liggen van 1446. In dat jaar kregen de zusters namelijk van pastoor Dirk van Wassenaer verlof tot het aanleggen van een eigen kerk en kerkhof. Op 20 juni 1449 werd het klooster op last van bisschop Rudolf van Diepholt gewijd. Het klooster, dat een vrij grote omvang had, lag in de huidige Korte Margarethastraat, dicht bij de voormalige Kruispoort. Tijdens het beleg van 1572/1573 werd het grotendeels in puin geschoten. Na de opheffing in 1581 is het dan ook al spoedig verdwenen.