Het Willibrordusorgel werd oorspronkelijk gebouwd voor de Sint Willibrorduskerk buiten de Veste te Amsterdam door Adema's Kerkorgelbouw. In 1966 bleek de kerk dusdanige ernstige bouwkundige mankementen te vertonen, dat het gebouw vanwege instortingsgevaar gesloten werd. Toen de restauratiekosten te hoog bleken werd besloten om de kerk te slopen. Het orgel werd in 1969 gekocht door het Comité tot behoud van het Sint Willibrordusorgel en zo van de ondergang gered. Om handelend op te kunnen treden werd het comité op 1 april 1969 omgezet in een stichting met de naam Stichting Willibrordusorgel. De stichting, die het behoud en de herbouw van het orgel nastreefde, werd gevormd door Leo Dijns, Wim Eskes, Leo Heesen, Christiaan van Homeijer, Sam de Jong, Thijs Kramer, Anton Le Loux, Ben van Oostrum en Piet Visser. Adviseurs waren mr. Evert Brautigam en Theo van der Bijl. Achter de schermen speelde J. N. Cramer van de afdeling kunstzaken Amsterdam een belangrijke rol. Een nieuwe bestemming voor het orgel werd gevonden in de kathedrale basiliek Sint Bavo te Haarlem. Het orgel is in 1970 in eigendom overgedragen aan de Parochie Sint Bavo te Haarlem. In 1971 is het orgel in de kathedrale basiliek opgebouwd en in de daaropvolgende jaren gerestaureerd. Als doelstelling van de Stichting wordt verder genoemd: het (doen) organiseren van concerten waarbij het orgel zal worden bespeeld en het blijven zorgen voor het behoud en goed gebruik van het orgel.
