In de Strafgevangenis werden personen (burgers en militairen) geplaatst die tot een gevangenisstraf waren veroordeeld. In Fort Spijkerboor zaten van 1942-1944 burgergevangenen en in de periode 1947-1950 militairen, met name Indië-deserteurs. In het voorjaar van 1951 werd Fort Spijkerboor ontmanteld als gevangenis. De verantwoordelijkheid voor het beleid en beheer van de Strafgevangenis berustte bij het College van Regenten. In 1953 kwam de Commissie van Toezicht in de plaats van het College van Regenten. De directeur kreeg de volle verantwoordelijkheid van het het beleid en beheer, in tegenstelling tot voor 1953, toen hij alleen met de uitvoering van voorschriften was belast. Het gevangeniswezen ressorteerde tot 1816 en van 1823-1842 onder het Ministerie van Binnenlandse Zaken; van 1816-1823 en vanaf 1842 onder het Ministerie van Justitie. Fort Spijkerboor werd gebouwd in 1913 en maakt deel uit van de zgn. Stelling van Amsterdam, waarin het het grootste en het meest noordelijk gelegen fort is. De Stelling van Amsterdam staat sinds 1996 op de Unesco werelderfgoedlijst. In de loop van de tijd is het fort vooral gebruikt als gevangenis.