Op 1 april 1886 ging de benoeming van C.J. Gonnet tot rijksarchivaris in; met ingang van 1 oktober 1886 werd hij tevens provinciaal archivaris. Bij besluit van 24 maart 1889, nr. 49, deelde men het archief in twee delen, die in verschillende vertrekken van de provinciale griffie werden ondergebracht. Nu de werkzaamheden gescheiden waren legde Gonnet ook voor elke taak een aparte reeks ingekomen- en minuten van uitgaande stukken aan, ieder met een eigen agenda. Gonnet combineerde 35 jaar lang deze twee functies, tot jhr. mr. B.M. de Jonge van Ellemeet hem in 1921 opvolgde, echter alleen als rijksarchivaris. Weliswaar hadden Gedeputeerde Staten ook aan de Jonge van Ellemeet het verzoek gedaan zich als provinciaal archivaris beschikbaar te stellen, maar de minister maakte bezwaar tegen het continueren van de bestaande toestand. Men begon onderhandelingen die uiteindelijk tot de volgende overeenkomst leidden. Het Rijk kreeg de bibliotheek, de archivalia en handschriften in eigendom, terwijl de provincie eigenaar werd van de kaarten en platen, niet tot de archieven behorend. Deze laatste verzameling bleef met de provinciale collectie als een geheel in de rijksarchiefbewaarplaats gedeponeerd. Als begrenzing van het provinciaal archief is daarom 1921 genomen; de jaarverslagen over de Provinciale Atlas, die daarna aan Gedeputeerde Staten werden uitgebracht, waren als zodanig een neventaak van de rijksarchivaris. Na het vertrek van De Jonge van Ellemeet in 1932 werd drs. R.D. Baart de la Faille voorlopig met de waarneming van het rijksarchivariaat belast, tot in 1938 zijn benoeming tot rijksarchivaris volgde. Met ingang van 16 oktober 1943 werd aan mr. J.W. Groesbeek de behartiging van de belangen van het rijksarchief opgedragen. Na de dood van zijn voorganger werd hij in het voorjaar van 1948 tot rijksarchivaris benoemd. Tot de taak van de eind 1973 vertrokken rijksarchivaris Mr. J.W. Groesbeek behoorde ook de inspectie van de gemeentelijke en waterschapsarchieven.