Als gevolg van de bestaande onvrede in de Nederlandse Hervormde Kerk scheidde vanaf 1834 een groeiend aantal lidmaten zich af. Deze lidmaten vormden de zogenaamde Christelijk Afgescheiden of Gereformeerde Gemeenten in Nederland. Aanvankelijk weigerde men zich te benoemen als "nieuw" kerkgenootschap. Men stelde zich op het standpunt dat er een onafgebroken lijn was, terug naar de Reformatie uit de 16de eeuw. Als een van de grondslagen van het kerk zijn werd bijvoorbeeld de in 1618 te Dordrecht vervaardigde Kerkorde aangehouden. Na verloop van tijd legde men zich in gereformeerde kring neer bij de bestaande situatie. Vanaf 1870 kreeg het kerkgenootschap definitief de naam Christelijke Gereformeerde Kerken. Intussen bleef het binnen de Nederlandse Hervormde Kerk onrustig. In 1886 werd Abraham Kuyper de leidende figuur in een beweging die bekend werd onder de naam Doleantie. Hieruit ontstond een nieuw kerkgenootschap onder de naam Nederduits Gereformeerde Kerk. In 1892 gingen beide kerkgenootschappen samen onder de nieuwe naam Gereformeerde Kerken in Nederland. Een deel van de Christelijke Gereformeerden ging niet mee met de samenvoeging, en ging als kerkgenootschap verder onder deze naam.