In een Strafgevangenis werden gevangenen opgesloten die een gevangenisstraf van tenminste drie maanden moesten ondergaan, in een Huis van Arrest onder meer de gevangenen met een gevangenisstraf van maximaal drie maanden, alsmede beklaagden en gegijzelden wegens schuld. Gelijk aan een Huis van Arrest kan men het Provoosthuis beschouwen, welke instelling speciaal bedoeld was voor militairen. De wet van 1884, die na een aantal wijzigingen op 1 september 1886 was ingevoerd, perkte uiteindelijk het aantal soorten gevangenissen in. Uiteindelijk bleven de Strafgevangenis en het Huis van Bewaring over. De scheiding daarna in plaatsing werd voor de Strafgevangenis hen die met gevangenisstraf waren bestraft, in de Huizen van Bewaring hen die met hechtenis waren bestraft. Naast deze typen gevangenissen bestonden nog meer soorten instellingen. De verantwoordelijkheid voor het beleid en beheer van de gevangenissen berustte bij het College van Regenten. In 1953 kwam de Commissie van Toezicht in de plaats van het College van Regenten. De directeur kreeg de volle verantwoordelijkheid van het het beleid en beheer, in tegenstelling tot voor 1953, toen hij alleen met de uitvoering van voorschriften was belast. Het gevangeniswezen ressorteerde tot 1816 en van 1823-1842 onder het Ministerie van Binnenlandse Zaken; van 1816-1823 en vanaf 1842 onder het Ministerie van Justitie.