In 1851 vond een een belangrijke wijziging in het gevangeniswezen plaats. Het stelsel van eenzame opsluiting werd ingevoerd. Gevangenissen met aparte cellen waren niet voorhanden. Er moesten daarom nieuwe gevangenissen worden gebouwd en bestaande gevangenissen moesten worden verbouwd om geschikt te worden voor cellulaire opvang. In 1884 werd in Alkmaar een Cellulaire Gevangenis (een met cellen uitgeruste strafgevangenis) gebouwd, waarvan het beheer bij Koninklijk Besluit van 18 juni 1886 nr. 27 werd opgedragen aan het College van Regenten van het Huis van Arrest. Bij besluit van 24 november 1885 werd deze Cellulaire Gevangenis aangewezen als Hulphuis van Arrest en Bewaring voor zolang de nieuwe Strafwet niet in werking was getreden. De wet van 1884, die na een aantal wijzigingen op 1 september 1886 was ingevoerd, perkte uiteindelijk het aantal soorten gevangenissen in. Uiteindelijk bleven de Strafgevangenis en het Huis van Bewaring over. De scheiding daarna in plaatsing werd voor de Strafgevangenis hen die met gevangenisstraf waren bestraft, in de Huizen van Bewaring hen die met hechtenis waren bestraft. De verantwoordelijkheid voor het beleid en beheer van de Strafgevangenis berustte bij het College van Regenten. In 1953 kwam de Commissie van Toezicht in de plaats van het College van Regenten. De directeur kreeg de volle verantwoordelijkheid van het het beleid en beheer, in tegenstelling tot voor 1953, toen hij alleen met de uitvoering van voorschriften was belast. Het gevangeniswezen ressorteerde tot 1816 en van 1823-1842 onder het Ministerie van Binnenlandse Zaken; van 1816-1823 en vanaf 1842 onder het Ministerie van Justitie.