De wet van 1884, die na een aantal wijzigingen op 1 september 1886 was ingevoerd, perkte uiteindelijk het aantal soorten gevangenissen in. Uiteindelijk bleven de Strafgevangenis en het Huis van Bewaring over. De scheiding daarna in plaatsing werd voor de Strafgevangenis hen die met gevangenisstraf waren bestraft, in de Huizen van Bewaring hen die met hechtenis waren bestraft. De verantwoordelijkheid voor het beleid en beheer van de Strafgevangenis berustte bij het College van Regenten. In 1953 kwam de Commissie van Toezicht in de plaats van het College van Regenten. De directeur kreeg de volle verantwoordelijkheid van het het beleid en beheer, in tegenstelling tot voor 1953, toen hij alleen met de uitvoering van voorschriften was belast. Het gevangeniswezen ressorteerde tot 1816 en van 1823-1842 onder het Ministerie van Binnenlandse Zaken; van 1816-1823 en vanaf 1842 onder het Ministerie van Justitie. Na de Tweede Wereldoorlog werd de gevangenis toegewezen aan het Directoraat-Generaal voor Bijzondere Rechtspleging. In de gevangenis werden de zogenoemde politieke delinquenten (NSB-ers en andere collaborateurs) ondergebracht. Vanaf 1950 werd het tevens weer een gevangenis. In 1999 is de gevangenis definitief gesloten.