Nederland kent slechts drie koepelgevangenissen: Arnhem, Breda en Haarlem. De Arnhemse koepel is tussen 1882 en 1886 gebouwd naar een ontwerp van justitiearchitect Johan Frederik Metzelaar. Op 16 augustus 1886 werd de gevangenis geopend.

In de periode 1981-1982 werd de gevangenis deels gerenoveerd; zo werd de zinken koepel gerestaureerd.

In 1994 tot 1998 zijn een groot deel van de cellen gerenoveerd, is het nieuwe ketelhuis in het voorgebouw geïnstalleerd en is de nieuwe centraalpost gerealiseerd.

De volgende fase (1999-2001) betrof de nieuwbouw aan de zuidzijde van de koepel (hoek Wilhelminastraat/Alexanderstraat) en de renovatie en restauratie van de voormalige kapel.

Hierna (2002-2003) volgde de nieuwbouw aan de noordzijde, de renovatie en restauratie van het achtergebouw, de restauratie van het interieur van het koepeldak en de renovatie van de beide voorgebouwen aan de voorhof.

De laatste fase betrof de renovatie en restauratie van het vroegere entreegebouw met de historische poort, de restauratie van de rest van het interieur van de koepel en restauratiewerk aan het exterieur van de koepel. In de restauratie van de monumentale bouwdelen is gekozen voor herstel in de oorspronkelijke materialen en kleuren. Het totale werk is opgeleverd begin 2005.

Op 22 maart 2013 kwam het nieuws dat deze inrichting gesloten zou worden. Het complex diende daarna niet meer als gevangenis, maar als huis van bewaring. In september 2015 wees het COA de voormalige gevangenis aan als opvangcentrum voor de vele vluchtelingen die de EU binnenkwamen.