Ingesteld in 2005 als opvolger van de Raad voor de Transportveiligheid i.v.m. taakuitbreiding onderzoek incidenten buiten de transport- en vervoersector.
De transportsectoren kennen al onderzoeksraden sinds het begin van de 20ste eeuw: de Raad voor de Scheepvaart bestaat sinds 1909, de Commissie Binnenvaartrampenwet werd in 1931 opgericht, de Raad voor de Luchtvaart in 1937 en de Spoorwegongevallenraad in 1956. Deze raden gaven weliswaar een onafhankelijk eindoordeel, maar de feitelijke onderzoeken werden met name door de diverse inspecties van Verkeer en Waterstaat verricht.
In de negentiger jaren van de vorige eeuw kwam daar een kentering in. De roep om onafhankelijke onderzoeken waarbij het volledige onderzoek onder de vlag van de onderzoeksinstantie moest komen, werd steeds luider. Dat leidde in 1999 tot de instelling van de Raad voor de Transportveiligheid, die verantwoordelijk werd voor alle onderzoeken in de transportsector, inclusief het wegverkeer en de buisleidingen. Bovendien werd daarmee inhoud gegeven aan het streven de schuldvraag uitdrukkelijk te scheiden van het onderzoek om er lering uit te trekken. De vroegere Raad voor de Luchtvaart had nog tuchtrechtelijke bevoegdheden tot 1992, voor de Raad voor de Scheepvaart is dat nog steeds het geval.
De ontwikkeling van bundeling van krachten heeft zich vervolgens voortgezet en geleid tot moties in de Tweede Kamer om het onafhankelijk onderzoek uit te breiden naar alle sectoren. De vraag deed zich immers voor waarom in de transportsectoren wel onafhankelijke onderzoeken werden ingesteld door een permanent onderzoekscollege, en in de overige sectoren na een groot ongeval een ad hoc commissie moest worden ingesteld. Na de vuurwerkramp in Enschede en de cafébrand in Volendam heeft de regering de moties overgenomen. Toen is begonnen met de voorbereiding van een voorstel voor een Rijkswet ter instelling van een Onderzoeksraad Voor Veiligheid die een onderzoek kan instellen naar voorvallen (rampen, ongevallen en bijna-ongevallen) in de diverse transportsectoren en op het gebied van defensie, industrie en handel, gezondheid, natuur en milieu en crisisbeheersing en hulpverlening.
In 2010 overgegaan naar departement V&J