De zorg voor het cultureel erfgoed onder water is geleidelijk aan ingebed in het Nederlandse monumentenbestel. Nadat de problemen in het begin van de jaren tachtig steeds zichtbaarder werden besloot de Minister van W.V.C. in de zomer van 1985 om de Monumentenwet 1961 ook onder water toe te passen; een logische stap, maar wel een stap waar veel discussie en een regelrechte confrontatie met bergende duikers aan vooraf was gegaan.  Toch was de tekst van de Monumentenwet 1961 niet eenduidig en werd in de Monumentenwet 1988 met de nieuwe koers expliciet rekening gehouden. De reden tot het besluit was om ongewenste ontwikkelingen tegen te gaan: geen ongebreidelde schatgraverij meer, of deze nu voor het privé-gewin of voor museale doeleinden werd uitgevoerd.
Door de Minister werd een (zeer kleine) basisvoorziening in het leven geroepen, eerst binnen het Ministerie en sedert 1988 min of meer zelfstandig opererend vanuit een kantoor en werkplaats in Alphen aan den Rijn. Vanuit Alphen werd het nieuwe beleid gestalte gegeven. Er was daarbij gekozen voor de weg van overtuiging. Met precedenten voor alle aspecten van archeologische monumentenzorg werd geprobeerd steeds duidelijker aan te tonen dat een zorgvuldige aanpak loont en welk deel van het bodemarchief onder water in het bijzonder waardevol is. Dat uitgangspunt betekende dat de uitvoerende dienst ook daadwerkelijk uitvoerend was. Beheersinstanties en belanghebbenden werden, zoveel als mogelijk, bij het signaleren van veranderingen en het vastleggen van wetenschappelijke informatie betrokken. Dat gold ook - en zeker niet op de laatste plaats - voor de kustduikgroepen die zich in de Stichting Maritiem Onderzoek Nederland (STIMON) aanvankelijk tegen de herziene wetgeving hadden verzet. Met de Directie Noordzee van de Rijkswaterstaat bestond een overeenkomst over operationele samenwerking. De Kustwacht en de samenwerkende opsporingsdiensten in het Waddengebied waren belangrijke informanten.
Toch was het uiteraard de uitvoerende dienst zelf die de informatiestromen moest coördineren en die in het veld een voorbeeldfunctie vervulde. De mate waarin hing nauw samen met de gerealiseerde capaciteit. De organisatie was zeer klein. Bewust waren geen voorzieningen getroffen die elders in het monumentenveld aanwezig waren en was volstaan met het hoogst noodzakelijke om althans enige precedenten te scheppen en tot een goed eind te brengen. Techniek en technische ontwikkelingen speelden daarbij een belangrijke rol. Deze waren (en zijn) onontbeerlijk om onderzoek en bescherming zinvol uitvoerbaar te maken onder Nederlandse onderwateromstandigheden. Voor andere aspecten, zoals conservering en restauratie van vondstmateriaal is van meet af aan sterk op gevestigde instellingen geleund. De ROB en het Rijksmuseum van Oudheden hebben daarin beide een rol vervuld, maar het meest is toch gebouwd op de samenwerking met de scheepsarcheologische dienst die onder het ministerie van Verkeer en Waterstaat de landinrichting in de IJsselmeerpolders archeologisch heeft begeleid.
Het perspectief dat die dienstonderdelen van het ministerie van Verkeer en Waterstaat naar het ministerie van WVC zouden worden overgedragen heeft de vormgeving van de uitvoerende dienst sterk beïnvloed. De mogelijkheid tot integratie en daaropvolgende evenwichtige uitbouw van de onderwater- en scheepsarcheologie is voor de Minister van WVC in 1986 de doorslaggevende reden geweest om zich te mengen in de discussie over afslanking en opheffing van de Rijksdienst voor de IJsselmeerpolders. Behoud van de afdeling scheepsarcheologie en de daarvoor gerealiseerde voorzieningen werd gezien als een essentiële bouwsteen voor het toekomstig beleid.
De onderhandelingen tussen beide Ministeries bleken niet eenvoudig en namen vele jaren in beslag. Ondertussen kon de Monumentenzorg onder water niet wachten en dat gold ook voor de formalisering van de uitvoerende dienst die, daartoe op 1 januari 1990 als Afdeling
Archeologie Onder water (AAO) aan de ROB is toegevoegd. In de zomer van 1991 werden de beide ministeries het alsnog eens over de overdracht van 'scheepsarcheologie' naar WVC en konden de voorwaarden op dienstniveau nader worden uitgewerkt. Op 1 april 1992 was de overdracht een feit. Scheepsarcheologie en Archeologie Onder water werken nog steeds samen, maar nu beiden onder de aegis van de ROB.