Het Bureau Secretaris-Generaal ressorteerde in het begin rechtstreeks onder de secretaris-generaal van het ministerie. Dit bleef zo tot 1985. Vanaf dat jaar kwam er een schakel tussen en viel het Bureau Secretaris-Generaal als dienst onder de Algemene Leiding, net als onder meer alle Directoraten-Generaal.
Vanaf 1990 kende het Bureau Secretaris-Generaal een onderverdeling in diverse secties, afdelingen en taakgebieden. Het aantal en de verdeling van deze secties en taakgebieden is tot de opheffing van Bureau Secretaris-Generaal sterk wisselend, maar geeft wel een goed beeld van de werkgebieden waarop het Bureau Secretaris-Generaal haar ondersteunende taken uitvoerde. Het betrof onderstaande secties, taakgebieden en afdelingen:
- Contactfunctionaris Nationale Ombudsman, 1990-1993;
- Sectie Crisisbeheersing, 1990-1992;
- Sectie Koninklijke Onderscheidingen en Control, 1990-1993; Onderscheidingen en Control, 1998-2003;
- Sectie Parlementaire Zaken, 1990-1993; Sectie Algemene en Parlementaire Zaken, 1994-2003;
- Sectie Transport, 1990-1992;
- Sectie Verkeer en Vervoer, 1990-1992; Sectie Personenvervoer en Infrastructuur, 1993; Taakgebied Personenvervoer en Infrastructuur, 1994-1997; Taakgebied Personenvervoer, 1998-2003;
- Sectie Goederenvervoer, Luchtvaart en Post- en Telecomaangelegenheden, 1993-1995; Taakgebied Luchtvaart en Post- en Telecommunicatie-aangelegenheden, 1996-1999; Taakgebied Luchtvaart, 2000-2003; Taakgebied Telecommunicatie en Post, 2001-2002;
- Sectie Scheepvaart en (Veiligheid) Wegverkeer, 1993; Taakgebied Scheepvaart en (Veiligheid) Wegverkeer, 1994-1995; Taakgebied Scheepvaart en (Veiligheid) Wegverkeer en Goederenvervoer, 1996-1997; Taakgebied Goederenvervoer, 1998-1999; Taakgebied Goederenvervoer en Post- en Telecommunicatie, 2000; Taakgebied Goederenvervoer, 2000-2003;
- Sectie Water,1990-1992; Sectie Water en KNMI, 1993; Taakgebied Water en KNMI, 1994-1997; Taakgebied Rijkswaterstaat en KNMI, 1998-2002; Taakgebied Water en KNMI, 2003;
- Adviseur Internationaal Beleid, 1992; (Bureau) Coördinatie Internationale Betrekkingen (CIB), 1993-2000;
- Bestuursraad, 1993-2003;
- Informatiepunt WNO, 1994-2003;
- Sectie Beleidsadvisering en Coördinatie, 1994-2003;
- BVA Verkeer en Waterstaat, 1996-2003;
- Project Transportongevallenraad, 1996-1997;
- Protocol, 2000-2003;
