Per 1 januari 2005 werd de Bestuursstaf opgericht, waarin de staven van de politieke en ambtelijke leiding en van de krijgsmachtdelen werden samengevoegd.
De Bestuurstaf bestuurde, onder leiding van de secretaris-generaal, de Operationele Commando’s (OC's), het Commando DienstenCentra (CDC) (de rechtsopvolger van het DICO) en de Defensie Materieel Organisatie (DMO). De Bestuursstaf ondersteunde de bewindslieden (de minister en de staatssecretaris) bij de besturing van de organisatie en adviseerde hen in hun rol als lid van het kabinet. De secretaris-generaal (de hoogste ambtenaar van het ministerie) gaf leiding aan de Bestuursstaf, waar circa 2.000 mensen werkten. Defensie kende vier Operationele Commando’s:
het Commando Zeestrijdkrachten (CZSK);
het Commando Landstrijdkrachten (CLAS);
het Commando Luchtstrijdkrachten (CLSK);
de Koninklijke Marechaussee (KMar).
Zij zijn verantwoordelijk voor de primaire taak van Defensie: het verzorgen van (operationeel)gerede eenheden en het inzetten van die eenheden. Vanuit de Bestuursstaf stuurt de Commandant der Strijdkrachten (CDS), de belangrijkste militaire adviseur van de bewindslieden, de commandanten van de Operationele Commando’s (OC’s) rechtstreeks aan, echter met uitzondering van de Marechaussee: die valt onder de secretaris-generaal (SG).
