Per 12 mei 1999 werd zowel de directie Interbestuurlijke Betrekkingen en Informatievoorziening (IBI) als het Project Grote Stedenbeleid opgeheven. Daarvoor in de plaats kwamen twee nieuwe directies: de directie Grote Stedenbeleid en Interbestuurlijke Betrekkingen (GSIB), en de directie Informatievoorzieningsbeleid voor de Openbare Sector (IOS). 

De directie GSIB bestond bij oprichting uit vier afdelingen: 

- Afdeling Grote Stedenbeleid (GSB) 

o Taak: Bevorderen van de ontwikkeling van de steden door: 

- Regie voeren over de verdere ontwikkeling van het integraal grotestedenbeleid op fysiek, economisch en sociaal terrein in samenwerking met andere directies binnen het ministerie, andere departemeten en de steden. 

- Ontwikkelen en onderhouden van instrumentarium voor het volgen van de uitvoering van de convenanten die met de steden zijn gesloten (gebaseerd op de gemeentelijke meerjarige ontwikkelingsprogramma’s) en voor de verantwoording door de steden. 

- Bevorderen van een Europees grotestedenbeleid en coördineren van de uitvoering van de Europese structuurfondsen en initiatieven door de steden. 

- Afdeling Organisatie en Kwaliteit Rijksdienst (OKR) (tot 2005) 

o Taak: Bevorderen van de kwaliteit van de organisatie en van het functioneren van de Rijksdienst door: 

- Beleidsvorming en beleidscoördinatie met het oog op het bewerkstelligen van een inrichting en werkwijze van de Rijksdienst die de effectiviteit responsiviteit en transparantie van het openbaar bestuur op rijksniveau bevordert. 

- Verbeteren van het doelbereik van de overheid door een betere publieke dienstverlening. 

- Stimuleren van het gebruik van kwaliteitsinstrumenten, zowel in relatie tot de dienstverlening als tot de primaire processen in de rijksdienst. 

- Afdeling Interbestuurlijke Betrekkingen (IB) 

o Taken: Verbeteren van bestuurlijke en financiële arrangementen tussen rijk, provincies en gemeenten. 

o Bevorderen van samenwerking tussen de bestuurslagen middels het Bestuursakkoord nieuwe stijl en regiocontracten. 

- Afdeling Uitvoering Sociale Vernieuwing (USV) (tot 2002)

 o Taken: Afwikkelen van de Regeling extra werkgelegenheid voor langdurig werklozen. 

o Afwikkelen van de Tijdelijke wet stimulering sociale vernieuwing. 

o Functioneren als helpdesk bij de vormgeving de sociale vernieuwing 

o Uitvoeren van de investeringsimpuls aardgasbaten 1992 

o Uitvoeren van de werkgelegenheidsimpuls 1994

Organisatiestructuur 2005 - 2007

Nadat in 2002 de Afdeling Uitvoering Sociale Vernieuwing en in 2005 de Afdeling Organisatie en Kwaliteit Rijksdienst waren opgeheven, werd er op 1 juli 2005 ook een nieuwe afdeling ingesteld. Dit was de Afdeling Binnenlands Bestuur en Europa (BBE). 

Zodoende zag de organisatie er vanaf 2005 als volgt uit:

-    Afdeling Grote Stedenbeleid (GSB)

-    Afdeling Interbestuurlijke Betrekkingen (IB)

-    Afdeling Binnenlands Bestuur en Europa (BBE)

o    Taken: Het ontwikkelen van Europees en internationaal beleid gericht op een goede organisatie, kwaliteit en functioneren van het binnenlands bestuur.

o    Mede-ontwikkelen van communautair beleid (m.n. structuurfondsen en EU-regelgeving met decentrale impact) en voorwaarden scheppen voor een goede bestuurlijke organisatie en uitvoering daarvan in Nederland.

o    Ontwikkelen van Nederlands beleid gericht op een goede centrale en interbestuurlijke naleving en werking van relevante regelgeving van de Europese unie, verdragen van de Raad van Europa (o.a. over lokale democratie en nationale minderheidstalen zoals het Fries) en bilaterale verdragen over grensoverschrijdende bestuurlijke samenwerking.

o    Coördinatiepunt Staatssteun en doorgeleiding van staatssteunmeldingen van decentrale overheden naar de Europese Commissie.
 

Hoofdafdeling Grotestedenbeleid – 2007-2008 

Bij aantreden van het kabinet Balkenende IV in februari 2007 is het Grote Stedenbeleid verschoven van BZK naar VROM. De directie Grote Stedenbeleid en Interbestuurlijke Betrekkingen is bij die gelegenheid opgeheven. De opvolger was de Hoofdafdeling Grotestedenbeleid die onder het Directoraat-Generaal Wonen, Wijken en Integratie van VROM viel. De hoofdafdeling was in de basis qua taken, mensen en middelen een rechtstreekse voortzetting van Directie Grote Stedenbeleid zoals deze onder BZK was, maar kreeg uiteindelijk in 2008 met terugwerkende kracht, toch een iets andere taakomschrijving, te weten:

-    Coördineren en doorontwikkelen van het grotestedenbeleid, mede op basis van de toezeggingen in de stadsconvenanten, in nauw overleg met de steden en de ministeries

-    Nemen van initiatieven om samenhangend rijksbeleid verder te ontwikkelen en bij te sturen

-    Beoordelen van voornemens van de diverse ministeries op hun verenigbaarheid met de doelstellingen van het grotestedenbeleid

-    Periodiek onderzoeken en analyseren van de voortgang van de uitvoering van stedelijke meerjarenontwikkelingsprogramma’s en de afspraken met de steden.

-    Geven van advies met betrekking tot de hierboven genoemde taken aan de directeur-generaal Wonen, Wijken en Integratie en aan de bewindslieden.

De Hoofdafdeling Grotestedenbeleid was geen lang leven beschoren en de taken van de afdeling gingen uiteindelijk in de loop van 2008 op in de Directie Woningbouw