Het Functioneel Parket is belast met de bestrijding van fraude en milieucriminaliteit en behandelt de complexe ontnemingszaken. Het afpakken van crimineel geld is een belangrijk onderdeel van de strijd tegen de georganiseerde misdaad en de kleinere, veelvoorkomende criminaliteit. Daartoe voert het Functioneel Parket het gezag over de Fiscale Inlichtingen en Opsporingsdienst en Economische Controledienst (FIOD-ECD) en over de bijzondere opsporingsdiensten van de Nederlandse Voedsel en Waren Autoriteit (NVWA), de Inspectie Sociale Zaken en Werkgelegenheid (Inspectie SZW) en de Inspectie Leefomgeving en Transport (ILT). De opsporing van de milieucriminaliteit door de politie geschiedt ook onder het gezag van het Functioneel Parket. Daarnaast is het Functioneel Parket het expertisecentrum voor ontnemingswetgeving binnen het OM.