Vanaf halverwege de jaren '90 van de twintigste eeuw is de organisatie van het OM meermaals gewijzigd. Waar de organisatie eerst bestond uit negentien arrondissementsparketten, één landelijk parket, vijf ressortspakketten en het Parket-Generaal, is dit met diverse reorganisaties een stuk ingedikt. 

De structuur die in de tweede helft van de jaren negentig was ontstaan kreeg met de inwerkingtreding van de wet reorganisatie OM per 1 juni 1999 een wettelijke basis. Sindsdien berust de leiding van het OM (ook formeel) bij het op het Parket-Generaal werkzame College van Procureurs-Generaal.

Arrondissementsparketten

Hieronder vallen sinds een fusieronde per 1 januari 2013 nog tien arrondissementsparketten in plaats van negentien. Deze arrondissementen kunnen wel meerdere zittings- en vestigingsplaatsen hebben.

1. Amsterdam (vestigings- en zittingsplaats: Amsterdam)

2. Den Haag (vestigingsplaats: Den Haag, zittingsplaatsen: Den Haag, Gouda en Leiden)

3. Limburg (vestigingsplaats: Maastricht, zittingsplaatsen: Maastricht en Roermond)

4. Midden-Nederland (vestigingsplaats: Utrecht, zittingsplaatsen: Almere, Amersfoort, Lelystad en Utrecht)

5. Noord-Holland (vestigingsplaats: Haarlem , zittingsplaatsen: Alkmaar, Haarlem, Haarlemmermeer en Zaanstad)

6. Noord-Nederland (vestigingsplaats: Groningen, zittingsplaatsen: Assen, Groningen en Leeuwarden)

7. Oost-Brabant (vestigingsplaats: 's-Hertogenbosch, zittingsplaatsen: Eindhoven en 's-Hertogenbosch)

8. Oost-Nederland (vestigingsplaats: Arnhem, zittingsplaatsen: Almelo, Apeldoorn, Arnhem, Enschede, Nijmegen, Zutphen en Zwolle)

9. Rotterdam (vestigingsplaats: Rotterdam, zittingsplaatsen: Dordrecht en Rotterdam)

10. Zeeland-West-Brabant (vestigingsplaats: Breda,  zittingsplaatsen: Bergen op Zoom, Breda, Middelburg en Tilburg)

Elk van de arrondissementsparketten staat onder leiding van ene hoofdofficier van justitie. Op elk parket werken officieren van justitie. Zij vertegenwoordigen het OM bij de arrondissementsrechtbank. De officieren van justitie worden ondersteund door OM-medewerkers. Sommige zaken, zoals verkeersovertredingen en lichte misdrijven, handelen de medewerkers zelf af. Daarnaast doen ze voorbereidend werk voor de officier in zwaardere zaken.

Ressortsparket

Als een veroordeelde of een officier van justitie het niet eens is met het vonnis van de rechtbank, kan hij in hoger beroep gaan bij een van de vier gerechtshoven. De belangrijkste taak van het Ressortsparket is het behandelen van strafzaken in hoger beroep. Het Ressortsparket behandelt de zaak helemaal opnieuw. 

Aan de gerechtshoven is een vestiging van het Ressortsparket gekoppeld. Het Ressortsparket is een landelijke organisatie met vier vestigingen in Nederland: Amsterdam, Arnhem-Leeuwarden, Den Haag en ’s-Hertogenbosch. Aan het hoofd van het Ressortsparket staat een landelijke hoofdadvocaat-generaal. Aan het hoofd van elke vestiging staat een hoofdadvocaat-generaal. Vertegenwoordigers van het Ressortsparket die optreden in de rechtszaal zijn geen officier van justitie maar advocaat-generaal.

Landelijk Parket

Naast de arrondissementsparketten en het Ressortsparket zijn er nog twee landelijke parketten: het Landelijk Parket en het Functioneel Parket. Deze parketten zijn niet gekoppeld aan een vaste rechtbank of gerechtshof.

Het Landelijk Parket houdt zich bezig met de aanpak van internationale vormen van georganiseerde misdaad, ondermijnende criminaliteit - die maatschappelijke structuren of het vertrouwen daarin schaadt - en de coördinatie van de aanpak van zaken als terrorisme en mensensmokkel. Het Landelijk Parket houdt zich dus bezig met zware criminaliteit die de grens van een arrondissement of ressort overschrijdt. Het Landelijk Parket voert het gezag over de dienst Nationale Recherche van de Nationale Politie, landelijke eenheid, die deze vormen van criminaliteit onderzoekt.

Functioneel Parket

Het Functioneel Parket is belast met de bestrijding van fraude en milieucriminaliteit en behandelt de complexe ontnemingszaken. Het afpakken van crimineel geld is een belangrijk onderdeel van de strijd tegen de georganiseerde misdaad en de kleinere, veelvoorkomende criminaliteit. 

Parket CVOM

Parket Centrale Verwerking Openbaar Ministerie (Parket CVOM) behandelt landelijk vrijwel alle verkeerszaken. Alle weggebruikers die onder invloed van alcohol zijn, flink te hard rijden of rijden zonder rijbevoegdheid, krijgen met dit parket te maken. Wie het niet eens is met een verkeersboete, gaat bij Parket CVOM in beroep.

Parket CVOM maakt landelijk afspraken met de politie over de verkeershandhaving op de weg. Prioriteiten zijn: snelheid, alcohol, rood licht, afleiding en veelplegers in het verkeer. Als OM-expertisecentrum op het gebied van weg, water, lucht en spoor toetst het parket nieuwe wet- en regelgeving op handhaafbaarheid en is het betrokken bij verschillende OM-aanwijzingen en richtlijnen.

DVOM

De Dienstverleningsorganisatie OM (DVOM) verricht, als ­shared service organisatie, de uitvoerende bedrijfsvoeringstaken voor het OM (alle arrondissementsparketten, het Ressortsparket en landelijke OM-onderdelen). Het gaat hierbij om producten en diensten op de terreinen Personeel, Financiën, Informatiebeheer en Facilitair Beheer.

De Rijksrecherche

De Rijksrecherche is een opsporingsdienst met een speciale taak. De Rijksrecherche wordt ingeschakeld als het handelen van de overheid in het geding is. Bijvoorbeeld als het vermoeden bestaat dat ambtenaren strafbare feiten hebben gepleegd. Het kan dan gaan om politiemensen, personeel van het OM, maar ook om ambtenaren van gemeenten, provincies of het rijk. De Rijksrecherche doet bijvoorbeeld onderzoek naar zaken als het plegen van fraude door ambtenaren en omkoping. Daarnaast wordt de Rijksrecherche altijd ingeschakeld als er gewonden of doden zijn gevallen na vuurwapengebruik door de politie. Ook als gevangenen zijn overleden in de cel, is het de Rijksrecherche die een onderzoek instelt.