Op 16 september 1815 werd Cornelis Felix van Maanen benoemd tot minister van Justitie. Van Maanen was voor zijn benoeming de Eerste President van het Hooggerechtshof. In deze functie kreeg Van Maanen op 7 december 1813 al alle zaken betreffende de justitie opgedragen. In de Zuidelijke Nederlanden was door Willem I in augustus 1814 al een departement van Justitie ingesteld. Na de benoeming van Van Maanen fungeerde in Brussel een dépendance onder leiding van een tweetal commissarissen. Het ministerie was in Den Haag gevestigd. Als de minister tijdelijk in Brussel verbleef werd hij in Den Haag door de secretaris van het ministerie vervangen. De kosten van het toezicht op de politie werden vanaf 1816 ook op de begroting van Justitie gebracht. Twee jaar later, in maart 1818, werden de departementen van Politie in Noord en Zuid opgeheven.
Onder Van Maanen kende Justitie geen afdelingen. Onder de minister fungeerde een secretaris, die toezicht hield op de werkzaamheden. Wel fungeerde in de jaren 1821 tot 1823 een Raad van administratie over de gevangenissen. Deze raad werd toegevoegd aan het ministerie en viel onder voorzitterschap van de minister. Als gevolg van de overgang van het gevangeniswezen naar Binnenlandse Zaken werd deze raad weer opgeheven. Met ingang van 1824 kreeg Justitie, zoals de andere departementen, een secretaris-generaal aan het hoofd van de administratie. Er werd echter geen Raad van administrateurs ingesteld en het kwam niet tot een opdeling in aparte administraties of afdelingen. De afscheiding van België had in zoverre gevolgen voor de organisatie, dat het ministerie nu weer uitsluitend in Den Haag gevestigd was. In 1830 keerde het gevangeniswezen terug naar Justitie.
Tot ver in de negentiende eeuw bleef de personele bezetting beperkt tot enkele tientallen ambtenaren. Daarom was er weinig behoefte aan reorganisatie. Vermoedelijk zijn pas in de eerste helft van de jaren-1850 de eerste afdelingen ontstaan in verband met uitbreiding van het takenpakket. In de agenda van het jaar 1854 wordt voor het eerst vermeld welke afdeling de zaak behandelde. Dit was voordien steeds een naam van een hoofdambtenaar. In 1858 kwam een organisatiebesluit tot stand, in de vorm van een ‘Dienstregeling voor het Departement van Justitie’. Daarin werd vastgesteld, dat de secretaris-generaal de minister bij diens afwezigheid zou vervangen, alle inkomende stukken zou openen en zou bepalen welke zaken in het kabinet en als geheim zouden worden behandeld. Ook de werkkring van het Algemeen Secretariaat en de vijf afdelingen werden in deze Dienstregeling vastgelegd.
In de jaren 1862-1866 ressorteerde de administratie van de Hervormde Eredienst onder de minister van Justitie; in de jaren 1866-1870 was dat het geval met de Rooms-Katholieke Eredienst. In beide gevallen was er sprake van een aparte afdeling onder een eigen administrateur. Na de definitieve opheffing van de eredienstdepartementen ging het toezicht op de kerkgenootschappen per 1 januari 1871 over naar het ministerie van Justitie (2e afdeling).
In 1876 werd het ministerie gereorganiseerd: het aantal afdelingen bleef gelijk, maar binnen het takenpakket werd nogal geschoven. De herverdeling van het werkterrein over de afdelingen was ten dele het gevolg van nieuwe taken als de uitvoering van de Vreemdelingenwet van 1875 (naar 2e afdeling) en de overname van de voordien onder Binnenlandse Zaken ressorterende gestichten Ommerschans en Veenhuizen in 1875 (naar 4e afdeling). Ook moest het Algemeen Secretariaat taken afstaan aan de beleidsafdelingen, zoals de uitlevering, staats- en volkenrecht aan de 2e afdeling. Ingrijpender was een reorganisatie in 1889, waarbij de 3e afdeling (Politie) werd opgeheven en de taken ervan overgingen op de 2e afdeling.
Tot 1940 bleef het aantal afdelingen grotendeels gelijk (circa vijf afdelingen). In 1939 werden er nog twee aparte afdelingen toegevoegd. De wetgevingstaak werd geconcentreerd in een 6e afdeling en het bureau Rijkstucht- en opvoedingswezen (onderdeel van de 3e afdeling) werd opgewaardeerd tot de 7e afdeling.[1]
