De 3e Afdeling had taken omtrent:

- gevangeniswezen;

- beheer van de gevangenissen, Rijksopvoedingsgestichten en Rijkswerkinrichtingen;

- statistiek.[4]

De 3e Afdeling is vanaf 1905 verdeeld in twee onderafdelingen en drie bureaus:

Onderafdeling I Gevangeniswezen

1. Bureau A:

- algemene zaken;

- wetten en besluiten;

- huishoudelijke reglementen;

- personeel;

- executie;

- Godsdienst –en onderwijsbelangen.

2. Bureau B:

- administratie;

- comptabiliteit;

- gebouwen en meubilair;

- voeding;

- kleding en ligging;

- aanbestedingen;

- begroting.

3. Bureau C. In 1907 veranderde de naam van het Bureau in C. Beheer van de arbeid in de gestichten (vanaf 1907):

- arbeid;

- boekhouding voor de arbeid (tot 1907).

Onderafdeling II Rijkstucht –en opvoedingswezen (tot 1907).[5]

De 3e Afdeling is vanaf 1909 verdeeld in drie bureaus:

- Bureau A Gevangenissen.

- Bureau B Rijkstucht –en opvoedingswezen.

- Bureau C Beheer van de arbeid in de gestichten.[6]

De bureaus van de 3e Afdeling worden in 1912 omgezet in onderafdelingen:

- Onderafdeling A Gevangenissen.

- Onderafdeling B Rijkstucht –en opvoedingswezen (inclusief een inspectie).

- Onderafdeling C Beheer van de arbeid in de gestichten.

- Onderafdeling D Reclassering (vanaf 1912): voorwaardelijke invrijheidsstelling en voorwaardelijke veroordeling (vanaf 1919); uitvoering van de wet op de woonwagens en woonschepen (vanaf 1920); uitvoering van de psychopatenwetten (vanaf (1932).[7]

In 1940 krijgt de 3e Afdeling onderafdelingen:

Onderafdeling A:

- het beheer van de gevangenissen, rijkswerkinrichtingen en rijksasiels voor psychopaten;

- het personeel van deze gestichten;

- de geestelijke en materiële verzorging van de gedetineerden en verpleegden.

2. Onderafdeling B:

- de gestichtsarbeid;

- vakonderricht van de gedetineerden en verpleegden.[8]